水培系统用于向作物的整个生长期内提供水和营养。灌溉用原水应取样检测后确定是否适合作物生长需要。检测的内容包括水中的微量元素和主要营养元素含量是否在规定范围内，pH值是否在可接受的范围内。根据检测结果确定原水符合灌溉要求后，种植者需要制订施肥计划，并根据施肥计划将肥料与灌溉水混合后制成营养液，供作物生长使用。

 

　　首先将肥料溶解在水中形成浓缩液，然后用注肥器将浓缩液加注到温室灌溉系统中形成营养液。灌溉系统将控制营养液进入到基质中的数量(在营养液膜技术栽培中，营养液注入营养槽中)。

 

　　水培采用哪种灌溉方式需要考虑几个因素，包括灌溉的均匀度要求、栽培容器的形式、作物品种和投资效益等。水培中最常用的灌溉系统有潮汐灌和滴灌。

 

　　实际生产中，作物接收的营养液通常比需要的还多。因此对封闭式系统，通常需要使用回收装置，回收从作物容器中排出的多余营养液。普通的回收系统中，沿作物栽培方向布设一道通长的无缝金属槽，金属槽回收的灌溉水排到主回水管，主回水管中的水再流到收集水箱中等待处理和再次利用。回收的营养液成分通常已经不同于它们最初配置好的成分，因此再次利用前，通常需要调节使它们恢复到初始状态。水培系统的这些过程通常都用计算机控制。